ความชุกและการวิเคราะห์ลักษณะทางจีโนมของเชื้อ Escherichia coli ที่ดื้อยาไทกีไซคลีน จากลูกสุกรหย่านมในประเทศไทย

Abstract

การดื้อยาต้านจุลชีพ (antimicrobial resistance; AMR) โดยเฉพาะการดื้อต่อยา ไทกีไซ คลีน ซึ่งเป็นยาปฏิชีวนะทางเลือกสุดท้ายสำหรับรักษาการติดเชื้อจากแบคทีเรียแกรมลบดื้อยาหลาย ขนาน กำลังเป็นปัญหาสำคัญด้านสาธารณสุขทั่วโลก การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความชุก ลักษณะการดื้อยา และลักษณะทางจีโนมของเชื้อ E. coli ที่มียีนดื้อยา ไทกีไซคลีน จากลูกสุกรหย่านม เก็บตัวอย่างมูลลูกสุกรจำนวน 305 ตัวอย่าง จากฟาร์มสุกรในจังหวัดสระบุรี นครราชสีมา และ เพชรบูรณ์ ทำการแยกและยืนยันชนิดเชื้อ E. coli ด้วยเทคนิค PCR ตรวจหายีนความรุนแรงและยีน ดื้อยา ไทกีไซคลีน ได้แก่ tet(X1)–tet(X5) และ tet(X)Uni ประเมินค่าความเข้มข้นต่ำสุดของยาที่ ยับยั้งการเจริญของเชื้อ (MIC) ทดสอบการถ่ายทอดยีนด้วยวิธี conjugation assay และวิเคราะห์ จีโนมด้วยเทคนิค whole-genome sequencing ด้วยเทคนิค Illumina และ Oxford Nanopore sequencing ผลการศึกษาพบว่าสามารถแยกเชื้อ E. coli ได้จำนวน 260 ไอโซเลท คิดเป็นร้อยละ 85.2 โดยตรวจพบยีน EAST1 มากที่สุด คิดเป็นร้อยละ 31.1 และตรวจพบยีน tet(X4) จำนวน 4 ไอ โซเลท คิดเป็นร้อยละ 1.5 โดยมีค่า MIC ต่อ ไทกีไซคลีน เท่ากับ ≤0.5, 1, ≤0.5 และ 4 mg/L ตามลำดับ ไอโซเลท T8 แสดงความไวต่อ ไทกีไซคลีน ในระดับ intermediate ผลการทดสอบ conjugation assay แสดงให้เห็นว่ายีน tet(X4) สามารถถ่ายทอดไปยังเชื้อรับ E. coli J53 ได้สำเร็จ ผลการวิเคราะห์จีโนมพบว่าเชื้อทั้ง 4 ไอโซเลทอยู่ใน sequence types ที่แตกต่างกัน และมียีนดื้อยา หลายกลุ่มร่วมกัน รวมถึงตรวจพบ virulence-associated genes และ mobile genetic elements ที่เกี่ยวข้องกับการแพร่กระจายของยีนดื้อยา ผลการศึกษานี้ชี้ให้เห็นว่าลูกสุกรหย่านมอาจเป็นแหล่งกัก เก็บของเชื้อ E. coli ที่มียีน tet(X4) และอาจมีบทบาทสำคัญต่อการแพร่กระจายของยีนดื้อยาในภาค ปศุสัตว์ภายใต้แนวคิดสุขภาพหนึ่งเดียว (One Health)